İskender Paşa Camii; Trabzon’un Ortahisar İlçesi, İskender Paşa Mahallesi sınırları içerisinde yer almaktadır. Şehir içi ulaşım araçlarıyla ulaşım mümkündür.
Caminin ilk ismi Cami-i Merhum İskender Paşa’dır. Yazılı kaynaklara göre, Feruhan Bey’in “Meydan Camii” kitabesinden anlaşıldığı üzere, Hicri 936 (Miladi 1529/1530) yılında, dönemin Trabzon valisi İskender Paşa tarafından yaptırılmıştır. Orijinal inşa kitabesinin dışında Hicri 1291 (Miladi 1874/1875), Hicri 1300 (Miladi 1882/1883) ve Hicri 1315 (Miladi 1897/1898) tarihli onarım kitabeleri de bulunmaktadır.
Cami, çeşme, günümüze ulaşmayan medrese ve Darül Kurra ile birlikte külliyenin bir parçasını oluşturmaktadır. Yapı, yığma yapım sistemiyle kesme taş malzemeden inşa edilmiştir. Yapı harim, kadınlar mahfili ve son cemaat yerinden oluşmaktadır ve son cemaat yeri kapalıdır. Dikdörtgen planlı harim ile dikdörtgen planlı son cemaat yeri birbirine dik bir şekilde konumlanarak ters T planını oluşmaktadır.
Harimin üzeri sekizgen kasnaklı kademeli olan bir kubbe, ana mekânın kuzey tarafında yer alan bölümün ortasında küçük bir kubbe ve yanlarda tonozlarla örtülü olup son cemaat yerinin üzeri ise kırma çatı ile örtülüdür. Kırma çatısı alaturka kiremit ile kaplanmıştır. Son cemaat yerinin kuzey cephesi, girişin olduğu bölümü daha dar olmak üzere her iki yanda geniş ikişer yuvarlak kemerle birbirine bağlı, beş bölümlü bir cephe şeklindedir.
Caminin batı cephesinde yer alan minaresi kesme taş ve tuğla malzeme ile almaşık sistemde inşa edilmiş olup tek şerefelidir. Caminin son cemaat yerinin kuzey ve batı cephesinden olmak üzere iki adet girişi bulunmaktadır. Kuzey cephede giriş, yuvarlak kemerli, çift kanatlı ve demir kapı ile sağlanmaktadır. Giriş açıklığı ile çerçevesi arasında bulunan alınlıkta çiçek motifinde taş süslemesi yer almaktadır.
Girişin üzerinde kitabesi bulunmaktadır. Batı cephede ise giriş yuvarlak kemerli, çift kanatlı ve ahşap kapı ile sağlanmaktadır. Yapının harim giriş kapısı kuzey yönünde bulunmaktadır. Giriş kapısı yuvarlak kemerli, çift kanatlı ve ahşaptır. Kapı açıklığının her iki yanında küçük boyutlu sütunçeler yer almaktadır. Yuvarlak kemerin üzerindeki alınlıkta madolyon bulunmaktadır.
Caminin kuzey tarafında yer alan kadınlar mahfiline son cemaat yerinden ahşap merdiven ile çıkılmaktadır. Taş malzemeden yapılmış olan mihrap, kademeli, nişli, bitkisel ve geometrik süslemelidir. Minber mermer malzemeden yapılmış olup aynalık ve korkuluk kısımları bitkisel süslemelidir. İç duvarları sıvalı olan caminin, kubbe etekleri ve içleri, pandantifleri, pencerelerin çevresi ve duvarlarında yağlı boya ile el işi süslemeler bulunmaktadır.