Ayışığı Manastırı; Balıkesir’in Ayvalık İlçesi, Alibey (Cunda) Adası sınırları içerisinde yer almaktadır. Şehir içi ulaşım araçları ile ulaşım sağlanabilmektedir.
Ayışığı Manastırı, dik bir tepenin (299 rakım) denizle birleştiği noktada yer almaktadır. Ayışığı Manastırının inşa tarihi kesin olarak bilinmemektedir. (1771 ve 1795 tarihlerinin iki taş üzerinde yazılı olduğu söylenmektedir. Fakat Ayvalık halkının 1771 tarihinde şehirden çok uzak olan bu manastırı inşa edebilecek gelişmişlikte olmadığı göz önünde tutulduğunda bu tarih pek gerçekçi görünmemektedir.
1795 tarihi daha olası gelmektedir. Zeytin tevziatı yapıldığı dönemde, Katerinli Fahrettin Bey’ e verilen zeytinliklerin sınırları içerisinde olması, kapalı tutularak yazlık olarak kullanılması ve bakım görmesi manastırın ayakta kalmasını sağlamıştır. Fahrettin Bey’ in vefatından sonra şuursuz defineciler tarafından harap edilmiştir. Ayışığı Manastırı’ nın çevresi duvarlarla çevrili olup diğer manastırlarda olduğu gibi avlu ortasında kilisesi yer almaktadır.
Manastıra su, dağdan künkler ile yalaklara getirilmekteydi.Zamanında manastırda hayvan beslenmekte, manastırın batı kısmındaki tarlalarda ise tarımcılık yapılmaktaydı. Avlu içerisinde yer alan kilise doğuya bakacak şekilde kubbeli (dört kemerli) olarak dikdörtgen planlı olarak inşa edilmiş. Kilisenin giriş kapısı sarımsak taşından inşa edilmiştir.
Kilisede kullanılmış olan sarımsak taşı dikkate alındığında kilisenin çeşitli zamanlarda restorasyona tabi tutulduğu ve 1850’li yıllarda yıkılarak yeniden inşa edildiği anlaşılmaktadır. Patikadan girişte, hemen deniz tarafında iki katlı bina yer almaktadır.
Günümüzde ikinci kata çıkışı sağlayan merdivenin basamaklarının tamamına yakını kırılmış olup ikinci katın üst döşemesinin büyük bir kısmı tahrip olmuştur. Ayışığı Manastırı’ nın doğal ve insani etkilere açık olması zaman içerisinde büyük bir kısmının yıkılmasına neden olmuştur.
